安倍晋三氏は9月20日の自由民主党総裁選で麻生太郎、谷垣禎一両氏を破って総裁となり、9月26日午後の衆議院と参議院の本会議で第90代、57人目の首相に選ばれた。戦後生まれの首相は初めてで、戦後では最年少となった。これを受けて安倍氏は組閣に取り組み、自民党と公明党の連立の安倍晋三内閣が9月26日に発足。小泉純一郎内閣は9月26日午前の臨時閣議で総辞職し、約5年5カ月にわたった小泉政権に幕を下ろした。
安倍氏の後任となる官房長官には塩崎恭久外務副大臣、経済成長戦略を担う経済産業相に甘利明元労働相、社会保険庁改革が課題の厚生労働相に柳沢伯夫・自民党税制調査会長、総務相に菅義偉総務副大臣が就任。いずれも初入閣した金融担当相の山本有二氏、沖縄北方・少子化担当相の高市早苗氏とともに、安倍氏の側近や同志が脇を固める。また、財政再建に取り組む財務相には尾身幸次元科学技術担当相、教育基本法改正が大きなテーマとなる文部科学相に伊吹文明元労働相、米軍再編問題に取り組む防衛庁長官に経験者の久間章生氏とベテラン議員を充てた。自民党総裁選で敗れた麻生太郎氏は外相に留任した。
内閣府での経済財政政策立案などを担う経済財政担当相には、民間から元内閣府政策統括官の大田弘子・政策研究
大学院大学教授を起用。初入閣は山本、高市両氏のほか、国土交通相に就いた冬柴鉄三・前公明党幹事長、法務相の長勢甚遠氏、農林水産相の松岡利勝農相、行政改革担当相の佐田玄一郎氏、参議院から入った環境相の若林正俊氏、国家公安委員長の溝手顕正氏。安倍内閣の重点テーマでは塩崎氏が拉致問題担当相、山本氏は再チャレンジ、佐田氏は道州制、高市氏はイノベーション(技術革新)をそれぞれ兼任した。