プロ野球パシフィックリーグ(パ・リーグ)の球団で、札幌ドーム(札幌市)を本拠地としている。親会社はハム・ソーセージ最大手の日本ハム(本社大阪市)。球団は1946年に「セネタース」として設立され、翌47年に東京急行電鉄に売却されて「東急フライヤーズ」に。48年に急映フライヤーズとなり、49年に東急に戻った後、東映、日拓ホームなどを経て、1973年に日本ハムに売却されて「日本ハムファイターズ」になった。本拠地を東京読売巨人軍と同じ後楽園球場、後継の東京ドームに置いていたが、2004年にプロ野球球団のなかった北海道へ本拠地を移して現球団名になった。監督は米国人のトレイ・ヒルマン氏で、2006年はパ・リーグ優勝を果たした。
2006年の第57回日本シリーズは北海道日本ハムファイターズと、セントラルリーグ(セ・リーグ)で2年ぶりに優勝した中日ドラゴンズの対決となった。10月26日に札幌ドームで行われた日本シリーズ第5戦は、日本ハムが4―1で中日に勝ち、対戦成績を4勝1敗として「東映フライヤーズ」時代の1962年以来、44年ぶり2度目の日本一になった。日本ハムは、11月9―12日に開催されたアジアの各プロ野球リーグ代表チームによる王者決定戦「アジアシリーズ2006」に日本代表として出場して優勝した。