日本政府は２００３年１２月、米国で牛海綿状脳症（ＢＳＥ）の発生したのを受けて米国産牛肉の輸入を停止。２００３年度の輸入量は輸入牛肉の約４割に当たる約２０万トンと、オーストラリアに次いで多かったため、米国産牛肉を使っていた牛丼チェーン「吉野家」が牛丼の販売を休止するなど影響が広がった。
米国から輸入再開を求める声が高まったため、日米両政府が協議。昨年１２月に、生後２０カ月以下の牛に限り、脳や脊柱（せきちゅう）といった特定危険部位を除去するとの条件を付けて約２年ぶりに輸入解禁した。だが、今年１月２０日に成田空港で、米国から輸入した牛肉に脊柱が付いたままなのが見つかったため、政府は再び輸入を停止。
その後、日本が米国産牛肉の輸入再開前に現地調査するという閣議決定を守っていなかったことが分かり、中川昭一農林水産相が１月３０日の衆議院予算委員会で認めて陳謝した。中川農相は事前調査しなかった理由を「輸入解禁後でなければ調査できないことが分かった」と弁明し、民主党など野党の辞任要求を拒否した。
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